公司有执行案件能注销，但必须符合相关法律规定和程序，需要根据实际情况向法院提出申请。
根据《中华人民共和国企业破产法》第六十五条规定，企业在依法清算过程中，本着公平、公正、诚信的原则，可以申请注销企业，但存在如下情形之一的除外：（1）尚有未了结的债务；（2）未履行清偿债务的监管条件；（3）未完成清算程序。因此，企业注销过程中必须履行完善的清算程序，支付完毕全部债务，办理完毕税务和社会保险手续等程序方可实现注销。在企业执行案件中，如果判决书确定了企业需要承担一定的责任和赔偿，但企业无力或者拒绝履行，那么债权人有权向法院提出申请进行强制执行。在执行过程中，如果企业履行完毕全部赔偿、赊账、缴纳罚款等义务，或者以其他方式另行达成和解协议，企业可以向法院申请执行案件的注销。但企业在注销执行案件前必须取得债权人的书面同意，且法院需要判定企业确已履行义务，不存在拖欠、逃避执行等情形。
如果企业未能履行完毕义务，债权人不同意执行案件注销，企业该如何处理？如果企业未能履行完毕义务，债权人不同意执行案件注销，企业可以通过以下途径解决问题：1.履行义务：企业应当积极履行赔偿、赊账、缴纳罚款等义务，争取债权人的谅解和支持；2.协商和解：企业可以主动向债权人提出和解协议，寻求妥善解决问题；3.申请破产：如果企业无力履行债务，可以申请破产，通过破产程序实现清算和还债；4.法律诉讼：债权人有权向法院提起诉讼，以保障自身合法权益。
企业注销执行案件需要符合相关法律规定和程序，同时企业应当积极履行义务，与债权人进行协商和解，以免影响企业的健康发展。如果无法履行义务或是遇到矛盾纠纷，企业可以寻求相关部门、社会组织、律师等协助，遵循法律程序，寻求合法保障和解决方案。
《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第四条作为申请执行人的法人或其他组织终止，因该法人或其他组织终止依法承受生效法律文书确定权利的主体，申请变更、追加其作为申请执行人的，人民法院应予以支持。
被执行人在执行期间，可以申请破产或者其他方式予以注销登记。而对于执行人来说，遇到此类情形，可以做如下事情：1、在破产清算时主动申报债权。2、在申请强制执行的时候，将被执行人变更为相应承继原被执行公司的债权债务的主体，比如相应的股东。这个在清算报告里面会有明确的责任分担约定。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第四十六条申请办理注销登记，应当提交下列材料：（一）申请书；（二）依法作出解散、注销的决议或者决定，或者被行政机关吊销营业执照、责令关闭、撤销的文件；（三）清算报告、负责清理债权债务的文件或者清理债务完结的证明；（四）税务部门出具的清税证明。除前款规定外，人民法院指定清算人、破产管理人进行清算的，应当提交人民法院指定证明；合伙企业分支机构申请注销登记，还应当提交全体合伙人签署的注销分支机构决定书。个体工商户申请注销登记的，无需提交第二项、第三项材料；因合并、分立而申请市场主体注销登记的，无需提交第三项材料。
执行过程中的注销与执行异议之诉在公司被强制执行过程中的注销与执行异议之诉是两个不同的概念。执行过程中的注销是指公司自愿进行的注销程序，执行异议之诉是指被执行人对执行行为提出异议并请求法院审理的程序。注销对执行过程的影响执行过程中的注销不会自动终止执行程序。即使公司进行了注销，执行程序仍然会继续进行。被执行人仍然要履行执行要求，承担相应的法律责任。注销只是公司自愿进行的一项行为，不会直接影响执行程序的进行。
1、公司在诉讼被告期间可以注销，但是在诉讼过程中，公司未经清算即办理注销登记的，则应当由有限责任公司的股东在债权人主张的公司债务范围内，承担相应的赔偿责任，当然赔偿的前提是债权债务查证属实
2、作为一方当事人的公司办理注销登记的，应当区分注销公司时依法清算和未清算两种情形。如果在当事人起诉后，公司依法成立了清算组，依照公司法等规定进行了清算，则诉讼应当中止或者终止，当事人可以依照公司清算程序实现自身权利。
3、《中华人民共和国公司法》第一百八十二条人民法院应予受理：
4、（一）公司持续两年以上无法召开股东会或者股东大会，公司经营管理发生严重困难的；
5、（二）股东表决时无法达到法定或者公司章程规定的比例，持续两年以上不能做出有效的股东会或者股东大会决议，公司经营管理发生严重困难的；
6、（三）公司董事长期冲突，且无法通过股东会或者股东大会解决，公司经营管理发生严重困难的；
7、（四）经营管理发生其他严重困难，公司继续存续会使股东利益受到重大损失的情形。
1、法律分析：公司被判定为失信被执行人可以注销。
2、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第一百条人民法院对于可能因当事人一方的行为或者其他原因，使判决难以执行或者造成当事人其他损害的案件，根据对方当事人的申请，可以裁定对其财产进行保全、责令其作出一定行为或者禁止其作出一定行为；当事人没有提出申请的，人民法院在必要时也可以裁定采取保全措施。人民法院采取保全措施，可以责令申请人提供担保，申请人不提供担保的，裁定驳回申请。人民法院接受申请后，对情况紧急的，必须在四十八小时内作出裁定；裁定采取保全措施的，应当立即开始执行。